典型桥本氏病诊断并不困难。但多数为不典型患者，导致临床上桥本氏病误诊：
一、桥本氏病误诊为甲状腺腺瘤如仅凭触诊甲状腺偏硬，或单凭B超发现结节而诊断为甲状腺腺瘤，未做进一步检查便施以手术治疗。这使原本存在潜在性甲减的甲状腺组织雪上加霜，患者只得终生依靠甲状腺素替代治疗。
二、桥本氏病误诊为甲亢部分桥本氏病患者发病初期因自身免疫使甲状腺激素释放增多而出现甲亢表现，若仅凭甲状腺肿大和临床甲亢表现而长期、大剂量地使用抗甲状腺药物，会迅速出现严重的甲减。
三、桥本氏病误诊为“咽感异常”部分患者无明显的甲状腺肿大，亦无其它的甲状腺功能方面症状，仅诉咽部不适。
四、桥本氏病误诊为心脏病少数桥本氏病患者甲状腺症状不典型，而由于甲减出现心包积液而致心慌、心悸、气短，心电图T波变化而易被误诊为心脏病。
五、桥本氏病误诊为单纯性甲状腺肿大近年来，儿童桥本氏病发病迅速上升，这使“在儿童中极为罕见”的定论成为历史。医院～年儿童桥本氏病就诊例数相当于过去40年总和的4倍。相当多的儿童桥本氏病被长期诊断为单纯性甲状腺肿，个别被误诊为甲亢。
六、桥本氏病误诊为更年期综合征50岁左右的妇女患病后，往往诉乏力、倦怠、烦燥、阵阵汗出、失眠、轻度浮肿等，故易被误诊为更年期综合征。
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